Ze względu na wszechobecność RNaz, i niestabilność RNA kontrola integralności i ilości próbek RNA są podstawowymi działaniami przed dalszą analizą. Zastosowanie technologii mikroprzepływów pozwala na łatwą i szybką analizę próbki przy zużyciu jedynie 1 µL materiału. Dodatkowo oprogramowanie Expert software Bioanalyzera automatycznie oblicza współczynnik integralności RNA (RIN{zlinkowane do publikacji RNA Integrity Number (RIN)}), określa ilość RNA, stosunek ilości materiału w podjednostkach. Dla analizy próbek mRNA określany jest procentowo stopień zanieczyszczenia rybosaomalnym RNA.
